Das Universitätsklinikum Regensburg deckt alle wesentlichen Spezialgebiete der Human- und Zahnmedizin ab und gliedert sich in 27 Kliniken, Polikliniken, Institute und Abteilungen mit über 4.400 Beschäftigten. Etwa 700 von ihnen sind Ärzte, mehr als 1.600 Pflegekräfte. Außerdem zählen circa 1.200 Mitarbeiter im medizinisch-technischen Dienst und 500 in der Verwaltung und der Haustechnik dazu. Damit ist das Klinikum nach BMW und Continental der drittgrößte Arbeitgeber der Stadt.
Als einziges Krankenhaus der höchsten Versorgungstufe III im gesamten ostbayerischen Raum kommt dem Klinikum eine überregionale Bedeutung zu. In 833 Betten werden jährlich über 32.000 Patienten versorgt. Dabei liegt die Einrichtung mit einem Case-Mix-Index von 2,0 an der Spitze der deutschen Universitätsklinika und versorgt damit die schwersten Krankheitsbilder bundesweit.

Neben der medizinischen Versorgung dient das Universitätsklinikum der medizinischen Fakultät als Haupt-Lehreinrichtung für 1.900 Studenten der Human- und Zahnmedizin.
Die zentralen Schwerpunkte des UKRs liegen einerseits auf dem Bereich Immuntherapie sowie zum anderen auf den Gebieten der Tumorforschung und der Transplantationsmedizin.
So wurde 2010 das Regensburger Centrum für Interventionelle Immunologie (RCI) als zentrale Einrichtung der Universität Regensburg gegründet, um darin alle universitären Forschungsbereiche zu bündeln, die an der Entwicklung neuer Immuntherapien arbeiten (u.a. Innere Medizin, Chirurgie).
Das University Cancer Center Regensburg (UCCR) stützt sich auch auf das Tumorzentrum Regensburg und betreibt flächendeckend in Ostbayern eine strukturierte Erhebung und Auswertung von Daten zu Krebserkrankungen.
Seit 2008 ist die Fraunhofer Projektgruppe zur Diagnose und Therapie von Tumor-, Stoffwechsel- und Alterskrankheiten in Regensburg tätig. Diese entwickelt diagnostische Tests zur frühzeitigen Entdeckung der Krebszellstreuung und zur Vorhersage des Therapieansprechens der metastatischen Vorläuferzellen.
Des weiteren besitzt das UKR eines der führenden Transplantationszentren in Bayern, in dem sowohl Organ- (Niere, Herz, Leber, Pankreas) als auch Knochenmark-transplantationen durchgeführt werden. Durch die gezielte Forschung soll die Transplantationsmedizin kontinuierlich weiterentwickelt und somit die Lebensqualität wie auch die Überlebenschancen Betroffener erhöht werden.