Die Planung des Regensburger Universitätsklinikums begann 1969 mit der Berufung des Medizinischen Beirats durch das Bayerische Staatsministerium für Unterricht und Kultus. Nach der Grundsteinlegung am 26. September 1978 wurde mit dem Bau der Klinik und Poliklinik für Zahn-, Mund- und Kieferkrankheiten als erst Baustufe begonnen. Weitere Bauabschnitte folgten. Mit über 833 Betten, 32 Kliniken und Instituten, 4.000 Mitarbeitern und 2.000 Studenten stellt das Klinikum heute eine hochmoderne Einrichtung für Praxis, Forschung und Ausbildung dar. Einige Institute des Universitätsklinikums sind an umliegende Vertragskrankenhäuser ausgelagert, so wie die Neurologie und Psychotherapie im Bezirksklinikum Regensburg und die Orthopädie und Rheumatologie im Asklepios Klinikum Bad Abbach.

Im Rahmen des Bayerischen Genomforschungsnetzwerks BayGene fördert das Bayerische Staatsministerium für Wissenschaft, Forschung und Kunst sieben Projekte der Spitzenforschung in aktuellen und relevanten Gebieten der funktionellen Genomforschung in Bayern. Am Universitätsklinikum Regensburg wurde dazu der Lehrstuhl für Funktionelle Genomforschung degenerativer, metabolischer und maligner Erkrankungen eingerichtet.
Das Zentrum für Klinische Studien (ZKS) betreut klinische Studien von der Konzeption über Planung, Durchführung und Koordination bis zur Auswertung und Publikation der Ergebnisse. Es steht allen Mitarbeitern des Klinikums sowie externen Auftraggebern zur Verfügung.